第二阶段考试科目应在取得专业阶段合格证后5年内完成。对取得第二阶段考试合格成绩的考生，颁发由全国注册会计师考试委员会统一印制的全科合格证书。该证书在全国范围内有效。
 
    考生取得全科合格证书后，可申请加入中国注册会计师协会，完成后续教育，成绩长期有效；否则，其全科合格成绩仅在自取得全科合格证书后的5年内有效。 
 
    每年各地注协都会在网站上通知具体办理时间，领取全科合格证大约在12月份，而办理注册会计师证书大约在考完后第二年的三四月份，各地具体安排以当地注协规定为准。 
 
     如果考生因工作变动，选择跨地区报考，即五门课程可以在不同的地区报名参加考试，报名时持有效的单科合格证书以及其他相关资料，向该省市考试管理机构递交报名表即可。办理全科合格证书时，需要向取得最后一科合格成绩的地方考办提出申请，由该地考办上报全国考办审核。其他手续与程序同其他考生。一次全科通过者所领取证书号码为“A”字开头（A本）；一年以上通过者所领取证书号码为“B”字开头（B本）。

     合格成绩转换及有效期： 2009年选择按新考试办法报名参加考试的考生，其在原考试办法下，从2005年至2008年取得的单科合格成绩，于2009年自动转换为新考试办法下同名科目的合格成绩。其中，在原考试办法下取得的“财务成本管理”科目的合格成绩，转换为新考试办法下的“财务成本管理”和“公司战略与风险管理”两个科目的合格成绩。转换后，科目合格成绩有效期限统一到2013年。

    原考试制度：单科成绩合格者，其合格成绩在取得单科合格成绩后的连续四次考试中有效。(从取得第一科合格成绩的那年算起，5年为一考试周期，必须在连续5个考试年度内通过全部科目考试。)

    合格成绩转换及有效期：2009年未按新考试办法报名参加考试的考生，其在原考试办法下，从2006年至2009年取得的单科合格成绩，于2010年直接转换为新考试办法下同名科目的合格成绩。其中，原考试办法下的“财务成本管理”科目的合格成绩，转换为新考试办法下的“财务成本管理”和“公司战略与风险管理”两个科目的合格成绩。转换后，科目合格成绩有效期限统一到2013年。

    2009年度注册会计师考试报名前，凡已获准免试或豁免注册会计师考试部分科目的考生，其免试或豁免的考试科目比照上述规定转换。